住宅ローン控除の還付金が少なすぎる？考えられる原因と見直しポイントを徹底解説

最終更新日：2025年06月17日

「住宅ローン控除を使えば、数十万円の還付金がもらえるはず」
そう期待していたのに、実際に戻ってきた金額が思ったより少なすぎてガッカリ…という方は少なくありません。

住宅ローン控除（住宅ローン減税）は、条件さえ合えば非常にお得な制度ですが、仕組みを正しく理解していないと「想定より少ない」「ほとんど戻らなかった」といった事態になりがちです。

本記事では、「住宅ローン控除の還付金が少なすぎる」と感じる主な原因と、見直すためのポイントをわかりやすく解説します。

この記事の編集者

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1．住宅ローン控除の還付金が少なすぎると感じる主な理由

「住宅ローン控除を使えば数十万円戻ってくるはず」と期待していたのに、実際の還付金が数万円しかなかった…。
このような“想定外の少なさ”には、いくつかの原因があります。

ここでは、よくある6つの理由を解説します。該当するものがないか、ぜひチェックしてみてください。

1.所得税の納付額が少ない場合

住宅ローン控除は、払った税金の中から控除される仕組みです。つまり、もともと所得税をあまり払っていなければ、控除額が大きくても引ききれません。

例えば

「30万円控除できるはず」と思っていても、自分が納めた税額が10万円なら10万円までしか戻ってこないということです。

2.住民税の控除上限（13.65万円）に引っかかった

所得税で引ききれなかった控除額は、翌年の住民税から差し引かれますが、ここにも上限があります。
住民税から差し引けるのは、最大で13万6,500円までと決まっています。

つまり、控除額が大きくても、『所得税が少ない＋住民税の控除も上限いっぱい』という条件が重なると、それ以上は控除されず、戻ってこないのです。

3. 配偶者控除や扶養控除などで課税所得がそもそも少ない

家族構成や働き方によっては、さまざまな控除（配偶者控除・扶養控除・社会保険料控除など）によって課税対象の所得が圧縮されているケースがあります。

課税所得が少なければ、それに応じて課税額も減るため、当然、控除できる余地も小さくなります。

4.控除対象外の住宅だった

住宅ローン控除には、対象となる住宅そのものや借入期間等、適用となるには様々な条件があります。

住宅ローン控除の基本となる適用条件は、下記の通りです。

このような条件に当てはまらない場合はそもそも控除の対象外となるため、還付金が少ない（またはゼロ）という結果になります。

5.確定申告や年末調整にミス・漏れがあった

特に最初の年（初年度）は、自分で確定申告をする必要があります。
書類の不備や記入ミスによって、本来受けられる控除が反映されていないケースも少なくありません。

また、2年目以降の会社員の場合、年末調整で住宅ローン控除の「控除証明書」などを提出し忘れると、やはり控除が漏れ、還付金が少なく見える原因になります。

6.年度ごとの税制改正の影響

住宅ローン控除は「どの年度に入居したか」によって、控除の条件や金額が大きく異なります。
特に2022年の税制改正は、多くの人に影響を与える大きな変更でした。

「同じようにローンを組んで家を買ったはずなのに、自分だけ還付金が少ない…」と感じる方は、もしかするとこの年度ごとの制度改正が理由かもしれません。

税制改正は頻繁に行われているため、ニュースなどで見逃してしまうこともあります。
しかし、「以前より還付金が少ない…」と感じる場合には、まず自分がどの年度の制度で住宅ローン控除を受けているかを確認することが大切です。2025年度税制改正では「新築の省エネ基準適合住宅を優遇」「非適合住宅は控除対象外」の傾向がさらに強まりました。

国税庁のサイトや、確定申告時の控除計算表などで確認ができます。

2．還付金が少ない場合の見直しポイント

住宅ローン控除を受けたものの、「思っていたより還付金が少ない…」「こんなに少額なのはなぜ？」と感じた方も多いかもしれません。
少ない理由は、制度の複雑さだけでなく、見落としがちな要素が関係していることもあります。

ここでは、還付金が少ない理由として考えられる4つのポイントを紹介します。
まずはこれらをチェックすることで、原因を特定し、必要に応じて見直しや対策を検討しましょう。

1.所得と控除額の再確認

還付金が少ないと感じたときに、まず確認したいのが「自分の所得と控除額のバランス」です。
住宅ローン控除は「年末のローン残高 × 控除率（通常0.7％）」で計算されますが、実際に還付されるのは、その年に支払った所得税額までが上限となります。

たとえば、年末のローン残高が3,000万円の場合、控除額の計算上は「21万円（＝3,000万円 × 0.7％）」ですが、その年に支払った所得税が10万円なら、還付されるのは最大でも10万円です。

また、所得税だけでなく、ふるさと納税や医療費控除など、他の控除制度も使っている場合は、住宅ローン控除の効果が相対的に小さくなることがあります。

控除額の“計算方法”と、“実際に戻ってくる金額”は違います。
まずは自分の所得状況と税額を把握したうえで、控除額がどう適用されているかを正しく確認しましょう。

2.確定申告や年末調整にミスがあった場合は、税務署での確認・再申請を

住宅ローン控除の初年度は「確定申告」が必要で、2年目以降は会社員であれば「年末調整」で住宅ローン控除の手続きが可能です。金融機関の残高証明書や、年末調整の時期に税務署から届く書類などの必要書類を、勤務先へ提出しましょう。

しかし、申請時に書類の不備や記入ミス、提出漏れがあると、想定していた控除が受けられず、還付金が少なくなってしまうことがあります。

このようなミスや漏れがあった場合でも、あきらめる必要はありません。
一定期間内であれば、税務署で手続きを行うことで控除を正しく反映させることが可能です。

こんな時は「税務署への相談」を

こうした場合は、税務署で申告内容を確認してもらうのが最も確実な方法です。
必要であれば、以下のような手続きを取ることができます。

◇手続きの種類と内容◇

どちらも税務署に相談し、書類を提出することで対応可能です。
「手続きが難しそう」と思って放置せず、まずは最寄りの税務署に問い合わせてみるのがおすすめです。
特に還付金の少なさに納得がいかない場合は、第三者（税務署）に見てもらうことがトラブル回避の第一歩になります。

3.過去の申告内容にもミスがないかチェックを

住宅ローン控除は、最長で13年間続く長期の制度です。
そのため、控除を受け始めて数年経ってから、「あれ？もしかして過去の申告でミスがあったかも」と気づくケースも少なくありません。

特に以下のような方は、過去の申告内容を一度見直すことをおすすめします。

控除対象となる住宅の「要件」や「ローンの契約条件」に少しでも変更があった場合、制度の適用外になるケースもあるため要注意です。

過去に誤りがあった場合は「更正の請求」で取り戻せるかも

過去の申告内容に誤りがあったことに気づいた場合は、「更正の請求」という手続きを通じて、最大5年前までさかのぼって還付を受け直すことが可能です。

住宅ローン控除は長期間にわたるため、「今年は少なかったな…」で終わらせず、過去の分までトータルでチェックする視点が大切です。税務署に相談すれば、必要な過去書類の控えや申請履歴も確認してもらえることがあります。

4.控除率や制度自体が「年度によって変わっている」

住宅ローン控除は毎年のように見直しが行われています。
2022年の大幅な制度改正をはじめ、入居した年によって控除率・上限・適用条件が大きく異なるため、情報が古いままだと「思ったより少ない」と感じてしまうことも。

たとえば、2021年までは控除率1％だったのが、2022年以降は原則0.7％に引き下げられました。

【対策】
まずは自分がどの年の制度で控除を受けているかを確認しましょう。制度を正しく理解することが、納得感の第一歩です。

※制度の違いについては、このあとの「2025年度の税制改正と今後の住宅ローン控除の注意点」で詳しく解説します。

３．住宅ローン控除に関するよくある質問

Q. 還付金はいくら戻るの？

A.控除額は、以下の式で算出されます。

ただし実際に戻る還付金は、その年の所得税額が上限になります。

Q. 控除額に影響する要因は？

A.以下のような要因で還付金が減ることがあります。

Q. 控除はいつ・どうやって受け取れるの？

A.初年度は確定申告で還付金が振込（1〜2ヶ月後）
　2年目以降は会社の年末調整で控除反映

Q. ふるさと納税と併用できるの？

A.可能ですが、控除の優先順位の関係で注意が必要です。

Q. 共働きでペアローンを組んだ場合は？

A.共有名義でそれぞれが住宅ローンを借りていれば、夫婦それぞれ控除が受けられます。

Q. 定額減税は住宅ローン控除に影響する？

A.定額減税の有無によって住宅ローンの控除額に影響することはありません。

４．2025年度の税制改正と今後の住宅ローン控除の注意点

住宅ローン控除は、2025年度にも制度の見直しが行われました。
特に、新築住宅の省エネ性能に対する要件がさらに厳しくなった点が注目されています。
2025年以降に家を買う方は、控除を最大限に受けるために事前の確認が必須となっています。

2025年度の主な変更点

2025年の税制改正では、住宅ローン控除そのものの枠組みに大きな変更はありませんが、適用要件がさらに厳格化されています。

※控除額は年末ローン残高 × 控除率（0.7％）の計算。
※中古住宅は築年数や耐震性によって変わるが、2024年度までに導入された基準が基本的に引き継がれており、2025年度時点で大きな改正はなし。

これは、政府が掲げる「脱炭素化」「省エネ住宅の普及」を強力に推進するための流れに沿ったものです。

これから購入する人が注意すべきポイント

2025年以降に住宅を購入する方は、次の点を事前にチェックしておきましょう。

制度そのものは変わらなくても、「申請条件」や「認定の難易度」には変化があります。還付金が思ったより少ないと感じた場合、こうした制度の背景にも注目してみましょう。

住宅ローン控除について、さらに詳しくお知りになりたい方はこちらの記事も合わせてご覧ください。

住宅ローン減税制度を徹底解説！2025年の変更点や適用条件は？

最新の住宅ローン減税制度について解説します。

５．まとめ

本記事では、住宅ローン控除の還付金が少なすぎる！と感じた場合の考えられる理由とその際の対応策をお伝えしてきました。

住宅ローン控除は、多くの人が住宅購入後に期待する「節税効果」のひとつですが、実際に受け取る還付金が想定より少なく感じるケースも少なくありません。

制度を正しく理解し、過去の申告状況や所得状況を見直すことで、改善の余地があるケースも多いです。制度そのものの仕組みと、自分の状況を照らし合わせることで、次年度以降の控除を最大限に活かすヒントが見つかるかもしれません。

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